רשב"י לא כתב בעצמו את ספר הזוהר, אלא הגיש את החכמה ואת דרך השגתה לרבי אבא שניחן ביכולת הייחודית, להסתיר בין המילים את המשמעות הפנימית והאמיתית של הגילויים ששמע מפי מורו.
רבי אבא, כתב את ספר הזוהר בשפה הארמית הנחשבת ל"אחוריים של העברית", החלק הנסתר של העברית. הוא כלל בספר הזוהר, גם מילים ביוונית ובלטינית, ועל ידי כך הבטיח, כי רק עטיפתו החיצונית של ספר הזוהר תובן, ומי שנמצא ברמת השגתו של המחבר בלבד, ידע לפענח את הפירוש הנסתר והחבוי בספר הזוהר.
מיד לאחר שנסתיימה כתיבתו נגנז ספר הזוהר ונעלם באופן מסתורי. האגדה מספרת שכתבי הזוהר נגנזו והוסתרו במערה באזור צפת. כעבור 500-600 שנה, התגלו כתבי הזוהר ע"י ערבים תושבי האזור. אלו מבחינתם שמחו לגלות נייר, שהיה מצרך נדיר באותם הימים, והשתמשו בהם לצרכים שונים. אחד מחכמי צפת שקנה דגים בשוק נדהם לגלות את ערכו הנדיר של נייר העטיפה בו הוגש לו הדג שקנה. מייד עם הגילוי החל לרכוש מהערבים את כל המסמכים שהיו עדיין זמינים ואסף אותם לספר.
מאות שנים אחר כך, בספרד של המאה ה-13, יצא ספר הזוהר לראשונה לאור ע"י המקובל משה דה לאון, (רבים, בעיקר באקדמיה, טועים ומייחסים לו את כתיבת ספר הזוהר). ספר הזוהר לא נדפס בהיקף המקורי בו נכתב. במקור, "הזוהר" כלל בתוכו מלבד פירוש לחמשת חומשי התורה, גם פירוש לספרים אחרים כמו ספרי הנביאים, והסברים קבליים למשנה ולתלמוד. החלק שנמצא כיום בידינו קטן פי 20 מגודלו המקורי של ספר הזוהר, ומכיל רק פירוש על החומש, ומעט מהפירושים על יתר הספרים.
עובדה זו אינה גורעת מערכו של ספר הזוהר כמפתח אשר בעזרתו ניתן, לטפס אל העולם הרוחני. אחרי רבי משה דה לאון, נגנז שוב ספר הזוהר למשך מאות שנים, הפעם עד לתקופת ימי הביניים המאוחרים, לזמנו של האר"י הקדוש באמצע המאה ה-16, שהתחיל לפרש את ספר הזוהר על פי שפת הקבלה. מאז ספר הזוהר נותר גלוי, אך יחד עם זאת, הזוהר נגלה לדורנו, והפך לנגיש רק עם פירוש הסולם של הרב יהודה אשלג (בעל הסולם), אשר שפך אור על סודותיו של ספר הזוהר בתום המאה ה-20.
